促轉會成立以來爭議不斷，法學界表示，從沒看過這種法律，能針對特定政黨之不利而設置，蔡政府上任以後，明顯感受行政中立原則已經無人在意。綠營內部人士也批評，促轉會倉促立法通過，但定位不清、工作流程不明，再加上張天欽之流的政治打手混入，只是蔡總統無知下的產物。

美麗島電子報董事長吳子嘉也認為，促轉會是政治性很高的機構，因倉促立法，不僅定位不清、工作流程不成熟，且使命竟設定要透過無從考證的史實，推翻過去的司法判決，從實際運作的情形來看，確實凸顯立法的不周延，他認為，這導致機關高度仰賴機構領導者極高的道德品德，「可惜台灣沒有，只有張天欽之流的政治打手」。

吳子嘉表示，日前促轉會替一千多名政治迫害的案例除罪，他不禁懷疑，這當中是否有真正的共諜，但事隔這麼久的時間，缺乏人證物證，其實事實早已不可考，而促轉會尋訪的相關人證，素養、品德、公信力其實都打著問號，加以張天欽事件發生後，外界早已失去信心、充滿負面想像。

吳子嘉表示，促轉會說穿了就是透過一黨獨大的立法程序，所成立的「低能機構」，很多綠營人士自己也搞不清楚促轉會的權責定義，例如這個單位什麼時候要做什麼事，定位不明，工作流程規範也不成熟，再加上缺乏有風骨的帶領者，促轉會接連爆發爭議，坐實它只是蔡英文無知下的產物。