吳乃仁是他的伯父 跟本不是什麼素人
 
刑事案件爭議
鐽震案
吳乃仁遭台北市政府以違反公司法公司未收股本不實登記規定，移送台北地檢署偵辦，主任檢察官莊俊仁偵結，鐽震公司業已收足首期股款8千萬，並未違反公司法規定，因此對吳乃仁予以「不起訴處分」。[8]
 
台糖售地弊案
主條目：台糖售地案
吳乃仁於2002年4月接任台灣糖業公司董事長後，由前立委洪奇昌引見，販賣台糖土地給春龍公司，2012年2月29日經台中地方法院依背信罪判刑3年10月、洪奇昌則判刑2年4月，春龍公司負責人潘忠豪4年2月、台糖前資產處長劉柏誠3年2月、月眉廠副廠長呂鈺玫2年8月、收受賄款140萬元的前台中縣政府建設處長賴英錫被依貪汙罪判刑8年2月 [9]。
 
2013年3月13日，臺中高分院駁回上訴，吳乃仁徒刑3年10月定讞。民進黨中，包括段宜康、林濁水、王拓、賴清德等新潮流系成員，對法院判決提出質疑。洪奇昌提出多項新事證，申請再審。
 
2014年3月26日，臺中高分院再審判決，洪奇昌無罪，吳乃仁以背信罪有期徒刑9個月。
 
爭議
2017年10月，鏡周刊連續多日直擊，發現吳乃仁幾乎夜夜笙歌，流連台北市仁愛路一家有女陪侍的高檔鋼琴酒吧，身邊還常有一名豪乳正妹陪伴，並多次帶出場[10]。但許智傑日前被問到與吳乃仁出入聲色場所，笑談當天是討論「宇宙大爆炸」，且吳乃仁上知天文、下知地理，到那裡只是男生聊天、女生倒酒，沒那麼嚴重。